STIKes Muhammadiyah Bojonegoro pada awalnya bernama Stikes Muhammadiyah Bojonegoro. Stikes Muhammadiyah Bojonegoro pada awalnya di awali dari ide Pimpinan Daerah Muhammadiyah (PDM) Bojonegoro untuk mendirikan Stikes Muhammadiyah Bojonegoro sejak tahun 2004, Namun pengajuan pendirian Stikes Muhmmadiyah Bojonegoro belum berhasil. Kehadiran tenaga baru perawat dengan kualifikasi S2 di Rumah Sakit Aisyiyah Bojonegoro pada Oktober 2011 membangkitkan lagi cita-cita tersebut. Pada tahun 2011 dilaksanakan pembentukan panitia pendiri Stikes Muhmmadiyah Bojonegoro yang diketuai oleh ust H. Zainuddin, Panitia pendiri Stikes Muhammadiyah Bojonegoro mengajukan pendirian tetapi saat itu terjadi moratorium pada program studi tertentu. pengajuan pendirian dilakukan lagi pada tanggal 30 juni 2012 pada program studi yang tidak terjadi moratorium.

Pada tanggal 10 juni 2014 dilakukan revisi pengajuan pendirian stikes yang telah dilakukan dan pada tanggal 19 juni 2014 dilaksanakan presentasi di Direktorat Jendral Pendidikan Tinggi oleh Ns. Sudalhar,M.Kep dan didampingi oleh Drs.H.Sholikin Jamik,SH.
Pada Tanggal 28 Agustus 2014 telah dilakukan Visitasi oleh tim DIKTI Kementrian Pendidikan Nasional Jakarta. Setelah melalui upaya yang cukup keras akhirnya Draft SK Ijin Operasional ditandatangani pada tanggal 16 September 2014, SK MENDIKBUD NO.410/E/O/2014. Tepat pada Tanggal 5 november 2014 penyerahan SK ijin Stikes Muhammadiyah Bojonegoro diterima oleh Ns. Sudalhar, M.Kep. dan didampingi oleh Drs. H. Sholikin Jamik, SH M.Hes., di Gedung Dikti lantai 6 Jl. Pintu Senayan Jakarta, dengan Program Studi S1 Administrasi Rumah Sakit dan D3 Perekam dan Informasi Kesehatan.

Stikes Muhammdiyah Bojonegoro memulai perkuliahan tahun 2015 di Kampus A berletak di jalan Ahmad Yani No 14, Bojonegoro. Lalu Stikes Muhammadiyah Bojonegoro memulai meningkatkan mutu dengan pengajuan akreditasi awal di prodi D3 Perekam dan Informasi Kesehatan berdasarkan surat keputusan LAM-PTKes nomor : 0676/LAM-PTKes/Akr/Dip/X/2017 yang mendapat akreditasi awal dengan peringkat C “Baik” ditetapkan pada tanggal 28 Oktober 2017. Selanjutnya disusul oleh S1 Administrasi Rumah Sakit berdasarkan keputusan LAM-PTKes Nomor : 0833/LAM-PTKes/Akr/Sar/XII/2017 yang ditetapkan pada tanggal 30 Desember 2017 dengan peringkat C “Baik”. Menyusul akreditasi institusi berdasarkan surat keputusan BAN-PT Nomor : 239/SK/BAN-PT/Akred/PT/X/2018 yang ditetapkan pada tanggal 23 Oktober 2018 dengan terakreditasi C “Baik”.

Seiring berjalan waktu Stikes Muhammadiyah Bojonegoro meningkatkan sarana prasarana berupa pembelian tanah dan peningkatan infrastruktur di wilayah Bojonegoro tepatnya di Jl. Veteran Gg. Maboro untuk dijadikan kampus B. Dimana pada tahun 2020 Stikes Muhammadiyah Bojonegoro memulai membuka program studi baru yaitu Sarjana Gizi, melihat prodi tersebut satu-satunya di Bojonegoro yang belum ada dan permasalahan gizi masyarakat Bojonegoro dengan surat izin pembukaan prodi gizi dari Mentri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor 154/M/2020 tentang Izin Pembukaan Program Studi Gizi Program Sarjana pada Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan Muhammadiyah Bojonegoro di Kabupaten Bojonegoro yang diselenggarakan oleh Persyarikatan Muhammadiyah.

Pada tahun 2022 prodi D3 Perekam dan Informasi Kesehatan melakukan re-akreditasi, berdasarkan surat keputusan LAM-PTKes nomor : 1071/LAM-PTKes/Akr/Dip/XII/2022 yang mendapat akreditasi dengan peringkat B “Baik Sekali” ditetapkan pada tanggal 16 Desember 2022. Pada tahun 2023 disusul prodi S1 Administrasi Rumah Sakit melakukan re-akreditasi, berdasarkan surat keputusan LAM-PTKes nomor : 0152/LAM-PTKes/Akr/Sar/II/2023 yang mendapat akreditasi dengan peringkat B “Baik Sekali” ditetapkan pada tanggal 24 Februari 2023. Dan prodi S1 Gizi melakukan re-akreditasi, berdasarkan surat keputusan LAM-PTKes nomor : 0573/LAM-PTKes/Akr/Sar/VII/2023 yang mendapat akreditasi awal dengan peringkat C “Baik” ditetapkan pada tanggal 28 Juli 2023.